El Archivo cuenta con 89 folios de Actas del Tribunal de Censura que posiblemente formaban parte de un único libro de Actas del Tribunal, creado por Real Orden de Fernando VII con objeto de velar por la buena conducta y costumbres. Éste actuaba como órgano de control del alumnado y los maestros y otorgaba certificaciones de buena conducta durante el segundo cuarto de S. XIX. A consecuencia del incendio que afectó a la documentación que se encontraba en la Secretaría de la Universidad en 1886, sus bordes se quemaron con lo que se perdió la foliación, aunque fue restaurado a finales del 2011.
Transcribimos parte de una de sus sesiones
Sesión del 11 de diciembre 1832 a las 4 de la tarde
Aprobada la sesión anterior se dio cuenta de un oficio que el catedrático de Lengua Griega, Reverendo Padre Fray Juan Sánchez, religioso en su convento del Carmen Calzado, había dirigido al señor Rector Presidente, quejándose de los concurrentes a su clase por haber echado en la hora de la asistencia olores nocivos y particularmente el cursante Don Guillermo García y Moya porque preguntado por la lección contestó burlándose y dando ocasión a que los demás prorrumpiesen en risadas. El tribunal no pudo menos que desagradarse de la conducta de estos escolares y entre las varias medidas que se propusieron para cada uno de sus individuos, se adoptó la de llamar al referido Don Guillermo García y Moya para hacerle los cargos convenientes…