| RECTORES | FECHA DE NOMBRAMIENTO | OBSERVACIONES |
| Dr. D. Vicente Bocanegra | 06/07/1805 | |
| Dr. D. Felipe Peraleda | 11/11/1807 | Por enfermedad de este, es elegido Vicerrector el Dr. D. José Cano Caballero el 04/03/1808 |
| Dr. D. José Morales | 10/03/1808 | Elegido por fallecimiento del anterior Rector |
| Dr. D. Ildefonso María Fernández | 11/11/1809 |
| Dr. D. Manuel Guillen | 11/11/1811 |
| Dr. D. Manuel Cano | 11/11/1813 |
| D. D. Antonio Muñoz Patón | 11/11/1815 | No poseemos el acta de su nombramiento, pero sí el llamamiento de Claustro correspondiente a su elección, y su firma en los posteriores, como Dr. Patón |
| Dr. D. Manuel José Guillén | 11/11/1817 | No poseemos el acta de su nombramiento, por lo que indicamos la fecha aportada por Montells , pero hemos podido constatar que aparece firmando un llamamiento a Claustro del 19/12/1817 |
| Dr. D. Andrés García Mellado | 11/11/1819 |
| Dr. D. Antonio Andeiro | 11/11/1821 |
| Dr. D. Andrés García Mellado | 08/1823 | Falta la hoja de inicio del Claustro correspondiente, aunque sabemos que el nombramiento se produce en este mes.Se nombra por Vicerrector el 01/12/1824 al Dr. D. Manuel José Guillén |
| Dr. D. Fernando Álvarez Chacón | 30/03/1825 | Se conserva el llamamiento a Claustro para tal día, con motivo de su toma de posesión |
| Dr. D. José María Viedma | 11/08/1825 | Nombrado por Real Orden de 23/07/1825 |
| Dr. D. Nicolás Martínez de Tejada | 28/07/1831 | Nombrado por Real Orden de 15/07/1831 |
| D. Juan García Figueroa | 10/06/1833 | Nombrado por Real Orden del 04/06/1833. El 20/06/1833 se nombra como Vicerrector al Dr. D. Pedro Díaz de la Guardia |
| Dr. D. Julián Herrera | 27/11/1834 | Nombrado por Real Orden de 21/11/1834 |
| Dr. D. José Garzón | 10/02/1838 | Nombrado por Real Orden del 21/01/1838 |
| Dr. D. José Pareja y Castro | 19/10/1840 | No conservamos el acta de su nombramiento, por lo que indicamos la fecha aportada por Montells , ya que aparece firmando como Rector en el acta del día 21/10/1840. En el acta del 03/11/1843 aparece como Vicerrector el Dr. Mateos |
| Dr. D. José de Castro y Orozco | 18/12/1843 | Nombrado por R. O. de 29/11/1843. En el acta del 15/06/1844 aparece como Vicerrector el Dr. D. Mariano Martínez de Robledo. Es nombrado de nuevo por R.D. de 25/12/1845, hasta su renuncia el 03/03/1846, por incompatibilidad con sus demás cargos (*) |
| Dr. D. Mariano Martínez Robledo | 17/04/1846 | Nombrado por R.D. de 01/04/1846. Es cesado en su cargo por R.O. del 25/08/1847. (*) |
| D. Rafael Barea Avila | 25/08/1847 | Nombrado por R.O. de este día Rector Interino |
| D. Francisco de Paula Lillo [ Cifuentes - Cienfuegos ] | 01/11/1847 | Nombrado Rector en Comisión por R.O. Toma posesión el 01/12/1847. Cesa por jubilación. En la obra de Ramallo , se incluye como segundo apellido Cifuentes, mientras que en la de Montellsaparece como Cienfuegos. Por R.O. de 30/10/1851 fue nombrado Vicerrector D. Rafael Barea Ávila (*) |
| Dr. D. Juan Nepomuceno Torres [ de Yáñez ] | 21/04/1854 | En esta fecha es nombrado Rector en Comisión, simultáneamente a la jubilación de su antecesor. En la obra de Ramallo , aparece como segundo apellido el indicado en cursiva. Por R.D. de 04/03/1857 es nombrado definitivamente Rector de la Universidad (*) |
| Dr. D. Pablo González Huebra | 30/01/1861 | Nombrado por R.O. en dicha fecha. (*) |
| Dr. D. Diego Miguel Vahamonde y Jaime | 15/02/1865 | Nombrado por R.O. en dicha fecha. (*) |
| Dr. D. Juan Bautista Enriquez y García | 21/05/1865 | Nombrado por R.D. en dicha fecha. (*) |
| Dr. D. Francisco de Paula Montells y Nadal | 29/10/1868 | Nombrado por Decreto en dicha fecha. El 16/05/1872 aparece como Vicerrector el Dr. Barea, seguramente para cubrir el período de licencia de un mes otorgado al Rector para restablecer su salud. (*) |
| Dr. D. Eduardo García Duarte | 27/06/1872 | En 1873 es nombrado Vicerrector D. Nicolás de Paso y Delgado |
| Dr. D. Nicolás de Paso y Delgado | 19/02/1875 | El 19/05/1875 se reúne el Claustro para la toma de posesión como Vicerrector del Dr. D. Santiago López Argüeta, nombrado por R.O. del 08/05/1875 |
| Dr. D. Santiago López Argüeta | 03/11/1876 | En 06/12/1890 fue nombrado Rector Interino de la Universidad Eduardo Castillo y Lechaga |
| Dr. D. Eduardo García Solá | 14/06/1891 | Toma posesión del cargo el 28/06/1891. En 1899 es nombrado Vicerrector |