| RECTORES | FECHA DE NOMBRAMIENTO | OBSERVACIONES |
| Jorge de Torres | 1532 | Chanciller el 19/11/1532, nombrado por Gaspar de Ávalos. Rector el 08/08/1532 |
| Ldo. D. Francisco de Utiel | 19/11/1532 | |
| Dr. D. Francisco Cabezas | 11/11/1534 | No existe acta de su nombramiento, ni las correspondientes al periodo 1534-1537, aunque en un acta del 08/10/1534 ya figura como Rector |
| Dr. D. Esteban Núñez | 11/11/1536 | Según Montells |
| Dr. D. Francisco Cabezas | 11/11/1537 |
| Dr. Esteban Núñez | 11/11/1538 | |
| Dr. D. Francisco Ortiz | 11/11/1539 | |
| Dr. D. Francisco Cabezas | 11/11/1540 | |
| Dr. D. Gonzalo Matías | 11/11/1541 | |
| Dr. D. Antonio Villegas | 11/11/1542 | |
| Dr. D. Francisco Ortiz | 11/11/1543 | |
| Dr. D. Francisco Cabezas (canónigo) | 11/11/1544 | |
| Dr. D. Antonio Villegas | 11/11/1545 | |
| Dr. D. Francisco Cabezas (tesorero) | 11/11/1546 | “El sábado, 26 de noviembre de 1547 años, se juntaron en Claustro los sres. D. Françisco Cabezas, thesorero y Viçerrector, por el sr. Canónigo Çabezas, Rector” . Esta cita y otras nos dá pie a pensar que existieron dos personas diferentes que responden al nombre del Dr. Cabeza. |
| Dr. D. Francisco Cabezas (canónigo) | 11/11/1547 | |
| Dr. D. Cristóbal de Salazar | 13/11/1548 | |
| Dr. D. Pedro Vázquez | 11/11/1549 | |
| Dr. D. Francisco Cabezas | 11/11/1550 | |
| Dr. D. Francisco Ortiz | 11/11/1551 | |
| Dr. D. Miguel de la Gasca | 11/11/1552 | No poseemos el acta de su elección, pero existe constancia de su nombramiento |
| Dr. D. Juan de Salcedo | 11/11/1553 | |
| Dr. D. Pedro Sánchez de Cabrera | 11/11/1554 | |
| Ldo. Aguirre de Barahona | 11/11/1555 | |
| Dr. D. Juan de Salcedo | 11/11/1556 | |
| Dr. D. Pedro Vivero | 11/11/1557 | No poseemos el acta de su elección, pero existe constancia de su elección en esta fecha a través del Libro de Cuentas |
| Ldo. D. Alonso de Ávila | 11/11/1558 | |
| Dr. D. Pedro Vázquez de Utiel | 11/11/1559 | En su ausencia, se nombra como Rector al Dr. Peco el 14/11/1559 |
| Dr. D. Francisco Ortiz | 11/11/1560 | No poseemos el acta de su elección, aunque está incluido en un lista de rectores que aparece en la CAJA 1449 |
| Dr. D. Pedro Vázquez | 11/11/1561 | No poseemos el acta de su elección, pero tenemos constancia de su nombramiento a través de la CAJA 1449 , que indica que, en su ausencia, se nombrará por Rector al Dr. Pedraza el 06/10/1562 |
| Dr. D. Benito de Peco | 11/11/1562 | |
| Dr. D. Francisco Ortiz | 11/11/1563 | |
| Dr. D. Pedro Vázquez de Utiel | 11/11/1564 | |
| Dr. D. Benito de Peco | 11/11/1565 | |
| Dr. D. Pedro Vázquez de Utiel | 11/11/1566 | En ausencia de este, se elige por Vicerrector el 01/01/1567 al Dr. Romano |
| Dr. D. Luis de Pedraza | 11/11/1567 |
| Dr. D. Pedro Vázquez de Utiel | 11/11/1568 | De 1569 a 1573 no existen Actas de Claustro |
| Dr. D. Luis de Pedraza | 11/11/1569 | |
| Dr. D. Pedro de Zarate | 11/11/1570 | |
| Dr. D. Bernardino Manrique de Lara | 11/11/1571 | |
| Ldo. D. Andrés de Alava | 11/11/1572 | |
| Dr. D. Luis de Pedraza | 11/11/1573 | |
| Dr. D. Juan de Fonseca | 11/11/1574 | Ejerció como Vicerrector, durante su mandato, el Dr. Pedro Vázquez, como consta en el acta del 10/11/1575 |
| Ldo. D. Marcos Guerrero | 11/11/1575 | En el acta del día de su nombramiento consta que se determinó que “podía ser Rector cualquiera de los nobles estudiantes d'esta Universidad...”. En su ausencia, se nombra el 20 /01/1576 por Vicerrector al Ldo. Miguel González de la Prida |
| Ldo. D. Antonio Barba | 11/11/1576 | |
| Dr. D. Luis de Pedraza | 11/11/1577 | Faltan las Actas de Claustro correspondientes a la elección de Rector de los años 1577-1599, pero tenemos constancia de que los nombramientos se celebraron en la fecha que se indica, la usual de San Martín, con las excepciones indicadas |
| Dr. D. Alonso Vílchez Pacheco | 11/11/1578 | |
| Dr. D. Pedro Vázquez de Utiel | 11/11/1579 | |
| Dr. D. Pedro Guerrero | 11/11/1580 | |
| Dr. D. Bernardino Manrique de Lara | 11/11/1581 | |
| Dr. D. Luis de Pedraza | 11/11/1582 | |
| Dr. D. Juan de Fonseca | 11/11/1583 | |
| Dr. D. Alonso Méndez | 1584 | |
| Dr. D. Fernando de Gálvez | 15/08/1585 | Según Montells , por muerte del anterior, y tras declarse nula la elección, como su sustituto, del Ldo. Navarrete |
| Dr. D. Luis Pedraza | 11/11/1585 | |
| Dr. Salcedo | 1586 | No existe acta de su nombramiento, aunque es citado como Rector en la lista de rectores y consiliarios conservada en la CAJA 1449 |
| Dr. D. Diego Maldonado | 11/11/1586 | Pese a lo anterior, en el Libro de Cuentas , es quien figura como Rector por el periodo usual completo, y existe un apunte donde se detallan los gastos realizados por las exequias al Dr. Salcedo |
| Dr. D. Alonso Barba de Sotomayor | 11/11/1587 | Según el Libro de Cuentas (L-1449) figura como rector el día 15/10/1588 |
| Dr. D. Alonso de Eraso | 11/11/1588 | Según el Libro de Cuentas (L-1449), p. 25r. |
| Ldo. D. Pedro de Molina | 11/11/1589 | |
| Dr. D. Luis de Pedraza | 11/11/1590 | |
| D. Jorge Texerina | 11/11/1591 | |
| D. Pedro de Molina | 11/11/1592 | |
| D. Pedro Guerrero | 11/11/1593 | |
| Ldo. D. Diego Fustero de Valdepeñas | 11/11/1594 | |
| D. Pedro de Molina | 11/11/1595 | |
| D. Juan de Benavides Bazán | 11/11/1596 | |
| D. Juan de Benavides Bazán | 11/11/1597 | Se prorroga su cargo durante un año en virtud de una Real Cédula |
| Dr. Montoya | 03/01/1598 | Elegido el 3 de enero por fallecimiento del anterior (datos tomados de Montells ) |
| Ldo. D. Antonio Tolosa | 11/11/1599 | |