| RECTORES | FECHA DE NOMBRAMIENTO | OBSERVACIONES |
| D. Juan de la Canal | 11/11/1600 | |
| D. Juan de Frias Mesía | 11/11/1601 | Por ausencia del Rector, se nombra por Vicerrector al Dr. Montoya el Claustro del 22/10/1602 |
| D. Pedro de Agreda | 11/11/1602 | |
| Dr. D. Jerónimo Montoya | 11/11/1603 | |
| D. Pedro Gutiérrez de Estrella | 11/11/1604 | No poseemos el acta de Claustro de su nombramiento, pero existe constancia de que en este periodo cumplió su rectorado |
| D. Pedro de Agreda | 11/11/1605 | Por enfermedad de este, fue sustituido por el Vicerrector D. Claudio Torres (11/11/1605), y , posteriormente, por Francisco Martínez Rueda el 28/02/1606 |
| Dr. Diego Gómez de Meneses | 11/11/1606 | |
| Dr. D. Jerónimo de Montoya | 11/11/1607 | Por ausencia del Rector, fue elegido por Vicerrector el Dr. Claudio de Torres el 19/09/1608 |
| Dr. D. Claudio de Torres | 11/11/1608 | No hemos localizado el acta de nombramiento como Vicerrector del Sr. Gutiérrez de Estrella. No obstante, aparece ejerciendo dicho cargo en Claustro del 31/05/1609 |
| Dr. D. Miguel de Ayala | 11/11/1609 | |
| Ldo. D. Francisco de Melgar | 11/11/1610 | Por ausencia del Rector, fue nombrado en Claustro del 31/12/1610 por Vicerrector el Ldo. Luís de Salcedo, al cual se le vuelve a nombrar el 10/03/1611, repitiendo su nombramiento el 11/10/1611 |
| Ldo. D. Juan de Villavicencio | 11/11/1611 | Por ausencia del Rector, fue nombrado en Claustro del 18/05/1612 por Vicerrector el Ldo. D. Rodrigo de Soto, y por ausentarse este último se nombra como Vicerrector a D. Luís de Salcedo el 26/09/1612 |
| Dr. D. Claudio de Torres | 1612 | |
| D. Francisco Martínez de Rueda | 1613 | |
| Dr. D. Carlos de Valdivia y Mendoza | 1614 | |
| Dr. D. Gonzalo Sánchez Lucero | 1615 | |
| Dr. D. Pedro Avendaño | 1616 | |
| D. Diego de Guzmán | 1617 | |
| D. Asencio de Pedraza | 1618 | |
| Dr. D. Francisco Martínez de Rueda | 11/11/1619 | |
| D. Antonio Trexo de la Serna | 11/11/1620 | |
| Dr. D. Francisco Martínez de Rueda | 11/11/1621 | |
| Dr. D. Jerónimo de Montoya | 11/11/1622 | |
| Dr. D. Asencio de Pedraza | 11/11/1623 | |
| Dr. D. Francisco Martínez de Rueda | 11/11/1624 | |
| Ldo. D. Juan Pérez del Rincón | 1625 | Por ausencia del Rector, fue nombrado en Claustro del 23/ 05/1626 como Vicerrector D. Francisco Martínez de Rueda. El Claustro del 04/10/1625 fue nombrado como Vicerrector el Dr. Avendaño |
| Dr. D. Pedro de Avendaño | 11/11/1626 | Por ausencia del Rector, fue nombrado en Claustro del 16/01/1627 por Vicerrector el Dr. D. Francisco Martínez de Rueda |
| Ldo. D. Alonso García de Villamayor | 11/11/1627 | Por ausencia del Rector, en Claustro del 17/08/1628 es nombrado Vicerrector D. Francisco Martínez de Rueda |
| Ldo. D. Juan Pérez del Rincón | 11/11/1628 | |
| Dr. D. Claudio de Torres | 11/11/1629 | |
| Ldo. D. Alonso de Mendoza | 11/11/1630 | |
| Dr. D. Juan de Jamilena | 11/11/1631 | No se conservan las actas de su nombramiento |
| Dr. D. Diego Gómez de Meneses | 11/11/1632 | No se conservan las actas de su nombramiento |
| Ldo. D. Pedro de Zamora | 11/11/1633 | No se conservan las actas de su nombramiento |
| Ldo. D. Pedro de Molina | 11/11/1634 | No se conservan las actas de su nombramiento |
| Dr. D. Antonio de Gálvez | 11/11/1635 | |
| Dr. D. Claudio de Torres | 05/06/1636 | Nombrado por ausencia del anterior |
| Dr. D. Juan de Palacios | 11/11/1636 | |
| Dr. D. Juan Ignacio de Porras | 14/05/1637 | Nombrado por ausencia del anterior |
| Dr. D. Pedro de Ávila | 11/11/1637 | |
| Dr. Fray Blas de Tineo | 11/11/1638 | Obispo de Termópoli |
| Dr. D. Francisco de Barahona | 11/11/1639 | Por su ausencia, se nombra el 20/08/1640 como Vicerrector al Dr. Fernando de Vergara. En Claustro del 08/10/1640 el Vicerrector renuncia a su oficio por problemas de salud, siendo nombrado en su lugar D. Juan de Solís |
| D. Juan de Solís | 24/11/1640 | El retraso en el nombramiento se debe a las protestas de algunos claustrales, que dudaban de la legalidad de su nombramiento anterior como Vicerrector, llegando a intervenir la Audiencia que, en un auto del 12/11/1640, ordena que el mencionado D. Juan Solís haga oficio de Vicerrector y llame a Claustro un día antes |
| Dr. D. Juan de Verdejo | 11/11/1641 | Por ausencia del Rector, se nombra como Vicerrector a D. Juan Cristóbal de Solís y Cárdenas el Claustro del 06/12/1641, y en Claustro del 14/05/1642 al Dr. D. Andrés Ladrón de Guevara, volviéndose el 20/10/1642 a elegir al mencionado D. Juan Cristóbal de Solís y Cárdenas como Vicerrector |
| Dr. D. Francisco de Orbea | 11/11/1642 | |
| Dr. D. Martín Bazán | 11/11/1643 | |
| Dr. D. Francisco de Lara | 11/11/1644 | |
| D. Blacio Peinado de Santaella | 11/11/1645 | No se conservan las actas de su nombramiento, por lo que seguimos lo apuntado por Montells |
| Dr. D. Juan Cerón | 11/11/1645 | |
| Dr. D. Alonso de Arrollo | 11/11/1646 | |
| Dr. D. Fernando de Vergara | 11/11/1647 | |
| Dr. D. Juan de Mesa Perea | 11/11/1648 | |
| Dr. D. Francisco de Lara y Salto | 11/11/1649 | |
| Dr. D. Juan Pinelo de Aguilar | 11/11/1650 | No se conservan las actas de su nombramiento, pero sí llamamientos a Claustro firmados por el |
| Dr. D. Cristóbal de Castilla y Zamora | 11/11/1651 | No se conservan las actas de su nombramiento, pero sí llamamientos a Claustro firmados por el |
| Dr. D. Juan Pinelo de Aguilar | 11/11/1652 | En otro de los llamamientos, fechado en 23/10/1653, aparece firmando como Vicerrector el Dr. Lobo |
| Dr. D. Gregorio Arroyo Sarmiento | 11/11/1653 | No se conservan las actas de su nombramiento, pero sí llamamientos a Claustro firmados por el |
| Dr. D. Blacio Peinado de Santaella | 11/11/1654 | |
| Dr. D. Juan Rico de Rueda | 11/11/1655 | |
| Dr. D. Agustín de Garavito | 11/11/1656 | No se conservan las actas de su nombramiento, pero sí llamamientos a Claustro firmados por el. En otro llamamiento fechado el 23710/1656 aparece como Vicerrector D. José Hurtado y Roldán |
| Dr. D. Eugenio de Rivadeneira | 11/11/1657 | |
| Dr. D. Juan Pinelo | 11/11/1658 | |
| Dr. D. Simeón de la Torre y Valdés | 11/11/1659 | |
| Dr. D. Rodrigo Caballero de Illezcas | 11/11/1660 | |
| Dr. D. Pedro de Salinas | 11/11/1661 | |
| Dr. D. Gonzalo de Acosta y Padilla | 11/11/1662 | |
| Dr. D. José Hurtado | 11/11/1663 | |
| Dr. D. Rodrigo Caballero de Illezcas | 11/11/1664 | |
| Dr. D. Laurencio Carlos de Villegas | 11/11/1665 | |
| Dr. D. Bartolomé de Roa | 11/11/1666 | |
| Dr. D. Juan de Padilla Pacheco | 11/11/1667 | |
| Dr. D. Juan Manuel Romero | 11/11/1668 | |
| Dr. D. Juan Benítez Montero | 11/11/1669 | No se conservan las actas de su nombramiento, pero sí llamamientos a Claustro firmados por el. En uno de estos llamamientos, fechado en 19/05/1669 aparece como Vicerrector Alonso Muriel de Berrocal. Posteriormente, el 01/09/1669, firma como tal el Dr. Juan Isidro Jiménez de Medrano |
| Dr. D. Alonso Muriel de Berrocal | 11/11/1670 | No se conservan las actas de su nombramiento, pero sí llamamientos a Claustro firmados por el. En uno de estos llamamientos, fechado el 14/09/1670, aparece como Vicerrector D. Diego de Paz y Castillo |
| Dr. D. Feliciano de Leiva Noriega | 11/11/1671 | |
| Dr. D. Alonso Paural | 11/11/1672 | |
| Dr. D. Juan Fernando Ramírez de Frías | 11/11/1673 | |
| Dr. D. Cristobal Godines y Zeejin | 11/11/1674 | |
| Dr. D. Fernando Moreno | 11/11/1675 | |
| Dr. D. Martín Torrijo de Pedrajas | 11/11/1676 | |
| Dr. D. Ambrosio de Martos Maldonado | 11/11/1677 | |
| Ldo. D. Gaspar de San Martín y Buiza | 11/11/1678 | Por ausencia del Rector, se nombra en Claustro de 23/06/1679 por Vicerrector al Dr. Gregorio Francisco de Hinojosa y Mérida |
| Dr. D. Juan Gómez de Escobar | 11/11/1679 | |
| Dr. D. Martín de Ascargota | 11/11/1680 | |
| Dr. D. Jerónimo del Valle y Ledesma | 11/11/1681 | Por ausencia del Rector se nombra en Claustro del 31/10/1682 como Vicerrector al Dr. D. Ambrosio de Martos |
| Dr. D. Fernando de Mora | 11/11/1682 | Por ausencia del Rector, se nombra en Claustro del 26/04/1683 por Vicerrector al Dr. D. Jerónimo del Valle, al cual se le vuelve a elegir el 15/07/1683. En 11/09/1682 se elige al Dr. D. Juan de Campos para el mencionado cargo |
| Dr. D. Ambrosio de Martos Maldonado | 11/11/1683 | Por ausencia del rector se nombra en Claustro del 11/10/1683 al Dr. D. Juan de Escobar por Vicerrector |
| Ldo. D. Bernardo Moreno | 11/11/1684 | Por ausencia del rector se nombra en Claustro del 02/05/1685 a D. Gaspar de San Martín por Vicerrector |
| Dr. D. Diego Bravo | 11/11/1685 | |
| Ldo. D. Gaspar de San Martín | 11/11/1686 | Por ausencia del rector se nombra en Claustro del 19/11/1686 a D. Bernardo Moreno de Pedrajas por Vicerrector |
| Dr. D. Juan de Soto Cazadilla | 11/11/1687 | Por ausencia del rector se nombra en Claustro del 25/08/1688 al Dr. D. Pedro Afán de Rivera por Vicerrector. Por renuncia del mismo, el 09/11/1688 para desempeñar el cargo a D. Alonso Muriel de Berrocal |
| D. José Morales | 11/11/1688 | |
| Dr. D. Martín de Ascargota | 11/11/1689 | Renuncia al cargo mediante una petición al Claustro, presentada el 21/11/1689, admitiéndose la misma en Claustro del 22/11/1689, y pasando a elegirse un nuevo rector |
| Dr. D. Francisco Layola | 22/11/1689 | Aunque Montells apunta que fue nombrado el día de San Martín de 1690, es elegido por renuncia de su antecesor, como se ha indicado antes |
| Dr. D. Francisco Ruiz Noble | 1692 | No se posee el acta de su nombramiento, pero la fecha dada por Montells (11/11/1691), no parece exacta, ya que hay constancia de que en estas fechas ocupaba el Rectorado D. Francisco Layola. Parece ser que fue nombrado sobre marzo de 1692, según los llamamientos a Claustro localizados. La prolongación en el cargo de su antecesor podría deberse a que existían asuntos pendientes de la mayor importancia por mandato real, como la elección de los oficios |
| Dr. D. José Jiménez de la Cerda | 11/11/1692 | No poseemos el acta de su nombramiento, pero existe constancia, a través de los llamamientos a Claustro, de su permanencia en el cargo en este periodo |
| Dr. D. Rodrigo Marín | 11/11/1693 | No poseemos el acta de su nombramiento, pero existe constancia, a través de los llamamientos a Claustro, de su permanencia en el cargo en este periodo |
| Dr. D. Juan del Campo Altamirano | 11/11/1694 | No poseemos el acta de su nombramiento, pero existe constancia, a través de diversos documentos firmados por el, de su permanencia en el cargo en este periodo, aunque Montells apunta como Rector durante el mismo al Dr. D. Pedro Guzmán |
| Dr. D. Alonso Tello | 11/11/1695 | Por ausencia del Rector, se nombra el 15/10/1696 como Vicerrector al Ldo. D. Martín de Osuna, quien renuncia el 10/11/1696, pasando a elegirse para dicho cargo a D. Fernando Moreno |
| Dr. D. Tomás de Montes | 11/11/1696 | |
| Ldo. D. Luís de Castro | 11/11/1697 | |
| Dr. D. Melchor de Herrera | 11/11/1698 | Por ausencia del Rector, se nombra en Claustro de 02/12/1698 por Vicerrector a D. Sebastián Pacheco |
| Dr. D. Rodrigo Marín | 11/11/1699 | |