| RECTORES | FECHA DE NOMBRAMIENTO | OBSERVACIONES |
| Dr. D. Juan Ramírez de Castroviejo | 11/11/1700 | |
| D. Jerónimo Bazán | 11/11/1701 | |
| Dr. D. Juan Agustín de Casanova | 11/11/1702 | |
| Dr. D. José de Prados | 12/11/1703 | El Claustro se reúne el 11/11/1703, leyendo la lista de candidatos y se acuerda proceder a la elección el día siguiente |
| Dr. D. Martín Jiménez de Raya | 11/11/1704 | |
| Dr. D. Alonso Jiménez de Urrea | 11/11/1705 | Por ausencia del Rector, en Claustro de 18/02/1706 se nombra como Vicerrector al Dr. D. Fernando de Santaolalla |
| Dr. D. Francisco Antonio Alvarado | 11/11/1706 | Por ausencia del Rector, se nombra en Claustro del 23/08/1707 por Vicerrector al Dr. D. Jorge Curado |
| Dr. D. Jorge Curado | 11/11/1707 | |
| Dr. D. Juan Damasio | 11/11/1708 | |
| Dr. D. José Vivero | 18/04/1709 | Elegido en esta fecha por muerte del anterior. Por ausencia del Rector, se nombra en Claustro de 16/05/1709 por Vicerrector al Dr. D. Juan Pedro González Montero |
| Dr. D. Juan Pedro González Montero de Espinosa | 11/11/1709 | Por ausencia del Rector, se elige en Claustro del 31/03/1710 por Vicerrector al Dr. D. Pedro Valdés |
| Ldo. D. Luís de Castro | 11/11/1710 | |
| Dr. D. Melchor de Herrera | 11/11/1711 | |
| Dr. D. Luís de Robles Mondragón | 11/11/1712 | |
| Dr. D. Pedro Lázaro de Valdés | 11/11/1713 | |
| Ldo. D. Pedro de Utrera | 14/11/1714 | El Claustro se reúne el 13/11/1714, y, una vez examinada la lista de candidatos, acuerda reunirse al día siguiente para celebrar la elección |
| Dr. D. Francisco Linero | 11/11/1715 | No conservamos acta de su nombramiento, pero sabemos que fue rector porque como tal aparece en las Actas de Claustro de 1716. Según Montells , la fecha de su nombramiento es la reseñada |
| Ldo. D. Baltasar Collado | 11/11/1716 | No conservamos el acta de su nombramiento, pero sabemos que fue elegido en esta fecha por que si se conserva el juramento de su cargo, realizado al día siguiente según las Constituciones |
| Dr. D. Pedro Martínez de Utrera | 26/08/1718 | El Claustro se reúne el 11/11/1717, siendo impedida por un Oidor de la Real Audiencia, que pide se difiera. Vuelven a reunirse el 27/06/1718, produciéndose problemas en cuanto a la lista de candidatos propuesta, hasta que el Escribano de Cámara de la Real Chancillería comunica que el Presidente de esta ordena no innovar cosa alguna en el procedimiento, so pena de multa de 1000 ducados, hasta que dicho Presidente determine lo conveniente para esta Universidad. La elección se realiza finalmente en virtud de tres cédulas reales. |
| Dr. D. Jacinto de Aguado y Chacón | 11/11/1718 | Por ausencia del Rector, en Claustro del 14/02/1719 se elige como Vicerrector a D. Luís de Robles Mondragón |
| Dr. D. Francisco de Rojas | 11/11/1719 | Por ausencia del Rector, se elige en Claustro del 14/12/1719 por Vicerrector al Dr. D. Jacinto Aguado Chacón, al cual se le vuelve a elegir para desempeñar tal cargo en Claustro del 15/06/1720 |
| Ldo. D. José de Mérida y Morales | 11/11/1720 | |
| Dr. D. José de Prados | 11/11/1721 | |
| Dr. D. Esteban Murillo | 11/11/1722 | |
| Dr. D. Luís de Molina | 11/11/1723 | |
| Dr. D. Pedro Lázaro de Valdés | 11/11/1724 | |
| Dr. D. José Mérida Morales | 11/11/1725 | Por ausencia del Rector, se elige en Claustro el 19/11/1725 por Vicerrector al Dr. D. Gaspar de Espinosa, y en Claustro del 15/10/1726 se nombra para desempeñar el citado oficio al Dr. D. Juan Pedro González |
| Dr. D. Gaspar Espinosa de los Monteros | 11/11/1726 | |
| Ldo. D. Antonio de Viedma | 11/11/1727 | Por ausencia del Rector, se nombra en Claustro del 21/11/1727 como Vicerrector a D. Iscio de Salazar. En Claustro del 17/04/1718, D. Antonio de Viedma, Rector, recibió el Grado de Doctor en Cánones |
| Dr. D. Antonio Chinchilla | 11/11/1728 | Por ausencia del Rector, se nombra en Claustro del 05/04/1729 como Vicerrector al Dr. D. José Zapata, y en Claustro del 01/08/1729 al Ldo. D. Pedro de Baeza para desempeñar dicho cargo. |
| Dr. D. Andrés Rebollo | 11/11/1729 | |
| Ldo. D. Pedro Zebreros Altamirano | 11/11/1730 | En Claustro del 27/02/1731 se le confirió el Grado de Doctor en Teología |
| Dr. D. Diego de la Torre | 11/11/1731 | |
| Dr. D. José de Cózar | 11/11/1732 | |
| Dr. D. José de Mérida Morales | 11/11/1733 | |
| Ldo. D. Manuel Antonio Murillo y Velarde | 11/11/1734 | Por ausencia del Rector, en Claustro del 28/09/1735 se nombra por Vicerrector al Dr. D. Juan Pedro de Arroyo |
| Dr. D. Luís de Molina | 11/11/1735 | |
| Ldo. D. Pedro de Baeza | 11/11/1736 | |
| Ldo. D. Torcuato de Puerta y Perosio | 11/11/1737 | |
| Ldo. D. Manuel Esteban Murillo | 11/11/1738 | Jura su cargo el 04/12/1738 por estar ausente de la ciudad, mientras ejerce el cargo de Vicerrector D. Pedro de Arroyo.Por ausencia del Rector, el Claustro del 11/04/1739 nombra a D. Torcuato Manuel de Puerta Vicerrector, y en el Claustro del 24/08/1739 se elige para el mencionado cargo de nuevo a D. Pedro de Arroyo |
| Ldo. D. Pedro José Baeza | 11/11/1739 | |
| Ldo. D. Esteban de Mendoza | 11/11/1740 | |
| Ldo. D. Pedro José Baeza | 11/11/1741 | |
| D. Torcuato Manuel de Puerta | 11/11/1742 | Por ausencia del Rector, se elige en Claustro del 04/02/1743 por Vicerrector a D. Juan Pedro de Arroyo |
| Ldo. D. Nicolás García | 11/11/1743 | En Claustro de 26/03/1744 se elige por Vicerrector a D. Pedro de Arroyo por haber firmado el Sr. Rector la Cátedra de Prima de Leyes |
| D. Torcuato Manuel de Puerta | 11/11/1744 | En Claustro de 05/12/1744 se elige como Vicerrector a D. Nicolás García, por no poder pasar a residir personalmente el ministerio el Rector electo. El 17/09/1745 propuso el Rector se nombrase un nuevo Vicerrector, por pasar a hacer la oposición a la Canonjía Penitenciaria de Sevilla, y se nombra para ello al Ldo. D. Basilio Villarraso |
| Ldo. D. Juan José de Olea | 11/11/1745 | |
| Ldo. D. José Cruellas y Morales | 11/11/1746 | |
| Dr. D. Ramón Ruiz Velarde | 11/11/1747 | |
| Dr. D. José Juan de Olea | 11/11/1748 | |
| Ldo. D. José Cruellas y Morales | 11/11/1749 | |
| Dr. D. Luís de Molina | 11/11/1750 | |
| Dr. D. José de Cruellas | 11/11/1751 | |
| Dr. D. Francisco de Olea | 11/11/1752 | |
| Ldo. D. Pedro Terrona | 13/11/1753 | Por ausencia del Rector en Claustro 07/03/1754 se elige por Vicerrector al Dr. D. Francisco Antonio de Olea |
| Ldo. D. Gonzalo de Ortega | 11/11/1754 | Por ausencia del Rector, en Claustro del 07/01/1755 se elige por Vicerrector al Dr. D. Juan de Carbonel |
| Ldo. D. Antonio de Almagro | 11/11/1755 | No poseemos acta de su nombramiento, pero tenemos constancia documental de que ocupó el Rectorado. Indicamos la fecha aportada por Montells. Por ausencia del Rector, en Claustro de 30/09/1756 se elige por Vicerrector al Ldo. D. Gonzalo Ortega |
| Dr. D. Juan Carbonel | 13/11/1756 | Por ausencia del Rector, en Claustro de 23/11/1756 se elige por Vicerrector al Dr. D. Pedro Cabreras y Altamirano |
| Dr. D. Antonio Valdivia | 11/11/1757 | En ausencia del Rector, se elige en Claustro del 06/04/1758 por Vicerrector al Ldo. D. Baltasar Vilches |
| Ldo. D. Antonio Valcuende | 13/11/1758 | Tenemos constancia del nombramiento de D. Francisco de Olea para ejercer el cargo de Vicerrector, aunque no poseemos el acta de su nombramiento. En su ausencia, fue elegido en Claustro del 11/09/1759 para desempeñar dicho cargo el Dr. D. Pedro de Baeza |
| Ldo. D. José Jiménez Espejo | 11/11/1759 | |
| Ldo. D. José Ramírez de la Piscina | 11/11/1760 | Por enfermedad del Rector, se elige en Claustro del 09/07/1761 como Vicerrector al Ldo. D. Gonzalo Ortega |
| Dr. D. Pedro Baeza | 11/11/1761 | |
| Dr. D. José Muñoz | 11/11/1762 | Por ausencia del Rector, en Claustro del 16/03/1763 se nombra por Vicerrector al Dr. D. José Ramírez de al Piscina. En Claustro de 26/08/1763 se nombra por Vicerrector al Sr. Molina |
| Dr. D. Manuel de Rus | 11/11/1763 | |
| Ldo. D. Antonio Valcuende | 12/11/1764 | |
| Dr. D. Antonio de Valdivia | 11/11/1765 | Por ausencia del Rector, en Claustro del 27/02/1765 se elige por Vicerrector al Ldo. D. Francisco Sánchez Prieto |
| Dr. D. Francisco Sánchez Prieto | 11/11/1766 | Por ausencia del Rector, en Claustro del 13/06, 1767 se elige por Vicerrector al Ldo. Bernardo Poblaciones |
| Ldo. D. Antonio Valcuende | 11/11/1767 | En Claustro de 27/08/1768 actúa como Vicerrector D. Luís de Molina |
| Ldo. D. Gabriel Moreno | 11/11/1768 | No pudo obtener el voto de obediencia de la mayoría del Claustro, solicitándolo el 18/11/1768 |
| D. Francisco Antonio de Vera | 01/12/1768 | Designado por el Arzobispo Rector interino, para encargarse del Gobierno de la Universidad |
| Dr. D. Manuel Lucas Díaz | 08/04/1769 | El Claustro se celebra por ordenarlo así una Real Cédula |
| Dr. D. Fernando López de Sagredo | 11/02/1770 | |
| Dr. D. Francisco Berruezo | 11/11/1770 | |
| Dr. D. Manuel Domecq | 11/11/1771 | No poseemos el Acta de su nombramiento, pero aparece ya como tal en el Acta del día 14/11/1771. La fecha indicada es la aportada por Montells.Por ausencia del Rector, se nombra en Claustro del 15/07/1772 por Vicerrector al Dr. Fernando López de Sagredo |
| Dr. D. Francisco Machado | 11/11/1772 | El 28/05/1773 se nombra por Vicerrector al Ldo. D. Francisco Mesía.En junio y julio de 1773 aparece firmando los llamamientos a Claustro, como Vicerrector, el Dr. Plaza |
| Dr. D. Francisco Pico y Adorno | 14/08/1773 | El Claustro del 13/11/1773 acuerda solicitar la prorroga en el mandato del Dr. Pico, aunque se reúne de nuevo para elegir Rector el 16/11/1/773 |
| Dr. D. Sebastián Espinosa | 16/11/1773 | El acta de elección está incompleta, pero en claustros posteriores aparece firmando como Rector |
| Dr. D. Marcos Domínguez Rufo | 11/11/1774 | Aportamos la fecha de nombramiento indicada por Montells , ya que no poseemos testimonios documentales válidos para comprobar este extremo en el año 1774. Sin embargo, aparece como Rector firmando los Llamamientos a Claustro de los años 1775-1778. En Claustro de 09/09/1779 se informa sobre una enfermedad que le aqueja, y que obliga al nombramiento del Dr. D. Julián Villavicencio como Vicerrector hasta el día de San Martín |
| Dr. D. Julián Villavicencio | 11/11/1779 | |
| Dr. D. José Silvestre de Arquellada | 11/11/1781 | En Claustro del 19/11/1781 aparece como Vicerrector D. Manuel Cano. En Claustro de 20/09/1782 el Rector informa de su mal estado de salud, nombrando como Vicerrector a D Juan Francisco Hidalgo para sustituirle |
| Dr. D. Pablo Rodríguez | 11/11/1783 | |
| Dr. D. José Antonio Cano | 11/11/1787 | La fecha de nombramiento es la indicada en la obra de Montells , al no conservarse las Actas correspondientes |
| Dr. D. Diego de Cárdenas | 11/11/1789 | La fecha indicada es la proporcionada por Montells , al no contar con las Actas de Claustro correspondientes a este periodo. No obstante, aparece como Rector en las Actas de marzo de 1791. El 31/05/1791 aparece como Vicerrector D. Miguel Álvarez Cortés |
| D. Antonio Prieto Moreno | 11/11/1791 | Aparece como Rector en un nombramiento de Jueces Celadores de 01/10/1799. El 29/06/1797 aparece el juramento como Vicerrector del Sr. Terroba |